La recherche accélère grâce à l’informatique haute performance dans le nuage.
L’infrastructure infonuagique de Lenovo alimentée par des processeurs Intel® Xeon® Platinum permet la collaboration et de nouveaux types de projets de recherche pour prendre en charge les charges de travail d’IA & HPC à l’Université de Victoria.
Solutions d’infrastructure Lenovo
pour The Data-Centered
La recherche accélère grâce au calcul à haute performance dans le nuage.
L’infrastructure infonuagique de Lenovo alimentée par des processeurs Intel® Xeon® Platinum permet la collaboration et de nouveaux types de projets de recherche pour prendre en charge les charges de travail d’IA & HPC à l’Université de Victoria.
Solutions d’infrastructure Lenovo
pour The Data-Centered
Contexte général
L’Université de Victoria (UVic) est l’une des plus importantes universités de recherche au Canada. Son campus situé sur l’île de Vancouver compte plus de 22 000 étudiants et des centaines de chercheurs, ainsi que certains des plus importants instituts de recherche au pays.
Un centre de données de Calcul Canada de recherche avancée (ARC) sur un campus fournit une infrastructure et des services de calcul haute performance non seulement aux équipes de recherche de l’université elle-même, mais aussi à d’autres institutions à travers le Canada et partout dans le monde. Les projets de recherche que le centre prend en charge impliquent l’apprentissage automatique en ligne, l’analyse de données volumineuses et l’informatique collaborative.
Défi
À l’origine, le service des TI d’UVic a créé l’infrastructure Arbutus OpenStack pour fournir les services dont les chercheurs ont besoin : des plateformes collaboratives à haute disponibilité, des sites Web personnalisés, un accès root, des environnements de micro-services et d’autres services infonuagiques. Leur déploiement initial était capable de prendre en charge des milliers de machines virtuelles, chacune pouvant être configurée pour répondre précisément aux besoins des projets de recherche individuels. Le projet a été si réussi que sa popularité a augmenté. Depuis quatre ans, plusieurs autres équipes et projets ont commencé à utiliser les ressources avancées en matière de stockage, de mémoire et d’informatique d’Arbutus. UVic a décidé d’étendre l’infrastructure pour que davantage de chercheurs puissent en bénéficier.
Nos services TI actuels n’avaient pas l’infrastructure qui pouvait fournir des réponses aux besoins informatiques avancés de certains de nos chercheurs. Nous avions des grappes HPC, mais les chercheurs avaient un besoin criant de plateformes collaboratives à haute disponibilité, de sites Web personnalisés, d’accès racine, d’environnements de micro-services et d’autres services infonuagiques.
Une plus grande puissance informatique pour soutenir un plus grand nombre de chercheurs et de projets
En tant que système de pointe pour les superordinateurs TOP500 les plus rapides, Lenovo a été le premier choix pour la nouvelle infrastructure de serveurs UVic. La nouvelle plateforme infonuagique Arbutus offre des capacités de traitement des données plus performantes, avec une capacité de mémoire grandement améliorée par nud. UVic peut ainsi exécuter beaucoup plus de machines virtuelles par serveur, ce qui signifie qu’il peut prendre en charge un plus grand nombre de chercheurs et de projets que jamais auparavant.
Un service essentiel pour de nombreux chercheurs
Le nouveau déploiement de l’Université de Victoria, la phase 2 d’Arbutus, ajoute 208 nuds ThinkSystem SR630, SR670 et SD530 de Lenovo et près de 8 000 curs de plus au cluster avec les processeurs Évolutifs Intel® Xeon®. Chaque nud comprend une mémoire moyenne de 119 Go de mémoire Lenovo ThinkSystem TruDDR4 et 1 To de mémoire persistante Intel® Optane™.
La nouvelle infrastructure permet à la plateforme infonuagique arbutus de deuxième génération d’offrir des capacités de traitement des données plus performantes, avec une capacité de mémoire grandement améliorée par nud. UVic peut ainsi faire fonctionner plusieurs machines virtuelles par serveur, ce qui signifie qu’il peut prendre en charge un plus grand nombre de chercheurs et de projets que jamais auparavant.
La plateforme est maintenant bien équipée pour prendre en charge les charges de travail IA/ML, ce qui permet aux chercheurs de compiler facilement leur code IA/ML.
Basée sur des technologies De pointe Lenovo et Intel, la plateforme Arbutus est devenue aussi importante que les grappes HPC et un service d’ARC essentiel pour de nombreux chercheurs.
Most of my projects over the past 15 years have revolved around studying how molecules interact with surfaces. Par exemple, mon équipe étudie la façon dont les protéines du corps humain interagissent avec les plastiques tels que les cathéters, les stents, les sutures et les organes artificiels, en essayant d’en arriver aux bases moléculaires de la biocompatibilité.
Résultats
En plus de soutenir un nombre beaucoup plus important de projets, la phase 2 d’Arbutus offre une gamme plus complète et flexible de services infonuagiques. Et les équipes de recherche peuvent monter en puissance plus rapidement, car elles peuvent créer leurs propres laboratoires virtuels beaucoup plus rapidement. De nombreuses tâches d’IA/ML peuvent maintenant être exécutées parallèlement sur des grappes de nuds plus petites sur de plus longues périodes de temps, ce qui réduit le temps d’attente pour une fenêtre sur une plus grande grappe.
Plus important encore, davantage d’équipes de recherche pourront utiliser la nouvelle puissance informatique de l’UVic pour apporter une contribution positive à la société , et même pour sauver des vies. Par exemple, Dennis K. Hore, Ph. D., professeur de chimie et d’informatique à L’UVic, a lancé un projet qui utilise les données volumineuses et l’apprentissage automatique pour aider à améliorer la vie des personnes qui utilisent des médicaments sans ordonnance en essayant de réduire le nombre d’overdoses.
Le professeur Hore commente : « Nous travaillons anonymement avec les gens pour les informer de la composition des médicaments qu’ils amènent volontairement à des fins d’analyse. Nous effectuons une foule d’analyses chimiques sur leurs échantillons à l’aide d’instruments d’analyse de pointe et utilisons ces données ainsi que des bibliothèques et des bases de données chimiques pour créer des algorithmes et des applications d’apprentissage automatique. L’un des objectifs du programme est de transmettre de l’information qui permet aux gens de prendre des décisions éclairées en fonction de leur composition et de leur force.
Une meilleure prise en charge des charges de travail IA/ML
Plus de machines virtuelles par serveur
Le système redémarre plus rapidement pour réduire les temps d’arrêt
Lorsqu’un chercheur demande un environnement, ce que nous considérons comme son propre laboratoire virtuel, nous mettons en place le réseau et le matériel pour les aider à travailler. Ils peuvent alors créer leur propre laboratoire virtuel en quelques minutes, avec ou sans assistance de nos services. Certains laboratoires virtuels exécutent même des charges de travail à petite échelle de calculs haute performance, comme GROMACS, le logiciel de dynamique moléculaire utilisé pour étudier des choses comme le virus SARS-CoV-2.
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